صرف نظر از لزوم این کار , آیا خطرات این کار در حدی است که به انجامش نیارزد؟عمل جراحي پيوند مو يك عمل سنگين است، خيلي از بيماران ممكن است نسبت به انجام آن ترديد داشته باشند ولی معمولا اگر بر اساس EBMکاشت مو توسط متخصص پوست و موی با تجربه و آشنا به جزئیات بیماریهای پوست و مو و با رعایت شرایط استاندارد فیزیکی و استریلی انجام شود، عارضه ای در پی نخواهد داشت ولی پس از کاشت مو تعدادی عوارض موقت وجود دارد از جمله تورم خفیف در پیشانی که با تنظیم حالت نیمه نشسته در حین خواب برای چند شب اول و کمپرس سرد بلافاصله پس از کاشت مو قابل بهبود است.
بی حسی و مور مور شدن خفیف در منطقه دهنده که زودگذر بوده و گاهی تا چند هفته طول می کشد. خونریزی خفیف در کمتر از 5/0% موارد ممکن است رخ دهد که با کمپرس سرد و پانسمان فشاری و رعایت حالت نیمه نشسته قابل بهبودی است. درد در منطقه دهنده یا گیرنده مو که اغلب خفیف و زودگذر بوده و با مصرف داروهای مسکن برطرف می شود. خارش شایع است. در ناحیه دهنده خاراندن مشکلی ندارد ولی در ناحیه گیرنده ممکن است با آسیب گرافتها همراه باشد و ممنوع است. شستشوی مرتب و مرطوب کردن محل کاشت با سرم شستشوی خنک، لوسیون بتامتازون و مصرف آنتی هیستامین مفید است. کراست در محل کاشت مو که در چند روز رخ می دهد و بدلیل ترشح سرم منعقد کننده و خون از اطراف گرافتها رخ می دهد. تمیز کردن و شستشوی مرتب در منطقه کاشت مو برای پیشگیری از بروز کراست حائز اهمیت است. فولیکولیت یا جوش چرکی که از چند هفته تا 4-2 ماه و پس از عمل رخ می دهد. اهمیت خاصی ندارد و بدلیل برگشت مو به داخل پوست رخ می دهد. برای پیشگیری شستشوی مرتب، استفاده از کمپرس گرم، آنتی بیوتیک موضعی و در صورت عدم پاسخدهی، آنتی بیوتیک خوراکی و تخلیه جوش لازم است. جابجایی و بیرون آمدن گرافت ها: که بدلیل خاراندن، ضربه، برس و شانه زدن شدید، زیاد خم شدن در حالت ایستاده و مالش شدید حین شستشو رخ می دهد.